蛋白提取及WB
- 前处理-蛋白提取；
- 分离：SDS-PAGE
- 成像：转膜、WB
蛋白提取
- 移液枪转移12孔板中cell培养液到ep管中，底部留存部分液态培养基；
- 胰酶或者细胞刮板分离底部粘璧cell，移液枪转移至上述ep管中。流式不可采用刮板，会损伤cell；刮板用PBS清洗；
- 离心2k rpm 3min，弃去上清，PBS重悬，n合1，再次离心，弃上清，清洗cell
- 配制细胞裂解液：配制100 mM的PMSF in IPA，临用前用商品化的细胞裂解液稀释100倍。
- 按照12孔板每孔cell加入25 ul细胞裂解液的比例向ep管加入cell裂解液，4 ℃裂解10-30min、14k rpm离心15min。（6孔板每孔50ul裂解液）
- 可取部分上清用于BCA测定
- 用上清稀释loading buffer(按照商品化loading buffer 的要求），金属浴or沸水浴 5 - 10min，防止ep管加热过程开盖
- 分装，-40--80℃保存，防止降解
SDS-PAGE
制胶
- 支架下方垫橡胶垫实现密封，薄板朝外装载玻璃板，对准刻度，吸头辅助夹紧
SDS-PAGE制胶装置 - 配制电泳液：每次用量约1.5 L
1.5L SDS-PAGE电泳液组成 Reagent Quantity (for 1.5 L) Tris 4.545 g 甘氨酸 21.6 g SDS 1.5 g UP水 1.5 L - 根据目标蛋白的分子量，按照商品化制胶试剂说明书调配试剂，制作分离胶和浓缩胶，倒入玻璃板，分离胶灌至距绿边1cm，浓缩胶灌满，插入梳子。
SDS-PAGE凝胶比例 - 凝固后，将玻璃板转移至电泳槽中，薄板向里，向夹层中倒入电泳液，验漏(是否夹紧，否则电泳时功率不稳)
- 拔出梳子，吸取电泳液清洗样品孔，排气泡以及排除残余胶液
- 上样及marker，一般1孔20ug，最多30ul，10孔梳10-15 ul/孔，15孔梳7-10 ul/孔；最侧边的孔及空余孔上样 1xloading buffer(电泳液稀释)
- 电泳电压：浓缩胶约90V（W约为4W）,分离胶约150V（W约为8W），室温
- 溴酚蓝迁移至凝胶2/3处即可停止电泳
SDS-PAGE电泳例图
转膜
- 转膜缓冲液的配制：
1.5L 转膜缓冲液组成 Reagent Quantity (for 1.5 L) Tris 4.545 g 甘氨酸 21.6 g UP水 1.2 L 乙醇 300 mL* *：乙醇待水溶液体系完全溶解后再加入 - PVDF膜及其支撑膜浸入乙醇中活化5 min；转入转膜缓冲液浸泡5 min；膜右上角剪口分辨方向
- 转膜缓冲液倒入盘中，各层预先在盘中浸透
- 黑色在下，按照2层海绵-3层滤纸-gel(切割周围)-3层滤纸-2层海绵，进行叠加，注意排出气泡，夹紧，按照标识放入电泳槽
- 4 ℃冰水浴，300 mAh，电泳约50 min
WB
- 剪裁目标蛋白和参比蛋白的膜，浸入封闭液中，摇床15min（按封闭剂的种类）
- TBST配制：
0.5L TBST缓冲液组成 Reagent Quantity (for 0.5 L) Tris 1.21 g NaCl 4 g UP水* 0.5 L 吐温20** 2.5 mL（0.5%） *：Tris和NaCl溶解后HCl调整pH至7.6（pH计） **：调完pH再加吐温，使用用特殊的枪和吸头 - 弃封闭液,TBST清洗5次(摇床5 min）
- 加一抗5ml（用3%脱脂奶粉稀释），膜浸透，避免漂浮或粘壁，37度摇床1h，4℃过夜
- 回收一抗，膜用TBST清洗5次，每次摇床5min后弃去，去除残余一抗
- 加入二抗（用3%脱脂奶粉稀释），37度摇床1h，TBST清洗5次，最后将膜保存在TBST中
- 使用314的BioRad凝胶成像系统，image lab软件，将缓冲液中保存的膜浸泡至显影液（按说明书配制）中2min，转移至培养皿，放入样品盘，成像
- 仪器：
- 开机：插排-稳压电源-仪器-电脑（关机反方向）
- image lab软件:运行软件-确定-select scanner-chom...-select-chem Hi sentilye(取消VVA勾选）
WB结果例图 备注
- 实验操作：
- 制胶前用70%乙醇清洁并擦拭玻璃板，提前洗净烘干。
- 内参一般不和样品同一块膜，单染方便抗体回收，只回收一抗，不回收二抗。一抗多为兔种属，二抗是抗兔的山羊抗，二抗基本只针对一抗的种属。抗体一般-20℃保存。
- 制好的胶尽快使用，不隔夜
- 上层溶液左中右位点均匀加入
- 该测定实验本身影响因素较多，所以n个重复合成一个样本进行SDS-PAGE，一组样本尽量一块凝胶进行分析。
- 预实验可省略bca，根据细胞密度简单确定上样体积，使用内参(cell固定表达蛋白，且相对量较为固定）进行相对定量。常用内参：
- GAPDH，参与糖酵解的酶，37 kD
- β-Actin，广泛分布于各种组织中的肌动蛋白，42 kD
- 实验室配制loading buffer：
- 实验室配制试剂：
Loading buffer上样缓冲液 Reagent Quantity Tris 3.8 g 10%SDS 10 mL 甘油 10 mL 溴酚蓝 0.05 g UP水 100 mL 巯基乙醇 临用前加入，巯基乙醇：与前述溶液按照=1：3混合
分离胶 Reagent Quantity（5mL/板） H₂O 1 mL 30%Arc - Bis 2 mL 1 M Tris（pH 8.8） 1.9 mL 10% SDS 0.05 mL 10%过硫酸铵（APS） 0.05 mL TEMED 2 uL
浓缩胶 Reagent Quantity（5mL/板） H₂O 2.1 mL 30%Arc - Bis 0.5 mL 1 M Tris（pH 6.8） 0.38 mL 10% SDS 0.03 mL 10%过硫酸铵（APS） 0.03 mL TEMED 3 uL - 实验室制胶方法：先配制并灌注分离胶至绿边下缘1cm，均匀加UP水液封，静置1h直至分界线明显，配制浓缩胶，倒掉液封水，并用滤纸吸干，灌注浓缩胶，插入梳子，静置1h，拔下梳子并加缓冲液排气泡，静置30 min后再上样
- 其他：
- 该实验用于药效评估，药效前应当先做毒性实验
- 细胞裂解液的成分：pmsf
- 封闭液的组成：BSA或5%脱脂奶粉溶液
- 实验室制胶：
原理
- SDS-PAGE原理
阴离子与蛋白质按比例（摩尔比）结合带上负电荷（SDS数量远超蛋白本身电荷数），消除蛋白质原有的电荷差异。SDS破坏蛋白质的氢键、疏水作用力等非共价键，破坏高级结构，解离为蛋白质亚基，蛋白质解聚为单体。（m/z决定电泳结果，即只与蛋白质分子量有关，而与电荷和分子形态无关）。为了确保蛋白质在电泳过程中处于变性展开状态，并且始终带有负电荷，在凝胶蛋白质样品和凝胶缓冲液中，都需要添加SDS。 - SDS-PAGE Loading buffer
主要含有SDS、甘油、β-巯基乙醇（β-ME）、带负电荷的染料(常用溴酚蓝)，甘油可以使蛋白样品密度大于电泳缓冲液而沉入梳底。Β-巯基乙醇可以打开二硫键。而带有负电荷的染料，其分子量小于绝大多数的分子样品。迁移速率最快。样品制备好以后，上样之前需要将其加热5分钟，而使其变性展开。 - 浓缩胶和分离胶
丙烯酰胺(Arc)和甲叉双丙烯酰胺(Bis，作为聚丙烯酰胺的linker，形成孔洞结构)在催化剂(过硫酸铵，形成自由基)和加速剂（TEMD，二（N-二甲基）乙二胺，加速催化剂形成自由基）的作用下，形成的一种三维网状结构，允许蛋白质通过。可以通过改变丙烯酰胺的浓度来改变孔径的大小。高浓度凝胶孔径小，利于分离小分子蛋白；低浓度的凝胶孔径大，利于分离大分子蛋白。
- 电泳缓冲液：pH 8.3，含有SDS、Cl-和甘氨酸（pI 5.97）。
- 上层浓缩胶：pH 6.8，孔径大，样品先进入浓缩胶，形成很窄的条带。因为甘氨酸显示电中性，与负电的Cl-挤压蛋白质，使得条带变窄
- 下层分离胶：pH 8.8，孔径小，通过分子筛分离蛋白质。
- 成像原理
增强化学发光法（ECL）：显影剂含有H2O2和鲁米诺（或其衍生物），二抗上的HRP（辣根过氧化物酶）的作用下，发出荧光。稳定性好，灵敏度高，成像性好，对仪器设备无特殊要求，是目前最常用的显影方法。 - 细胞裂解液
主要是表面活性剂，破坏生物膜。RIPA含有SDS，脱氧胆酸钠，TritonX-100的混合溶液。蛋白定位 裂解液种类 全细胞 NP - 40 或 RIPA 细胞质（可溶性蛋白） Tris - HCL 细胞质（细胞骨架等不溶性蛋白） Tris - Triton 细胞膜 NP - 40 或 RIPA 细胞核 RIPA 线粒体 RIPA
- 实验操作：
